生物信息學

針對對生物信息學感興趣的研究人員，開發人員，學生，教師和最終用戶的問答

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在pdb中粘貼以下行時出錯
我使用OpenBabel將包含大約50,000種抗病毒代理的.sdf文件轉換為單個.pdb文件。但是，當我嘗試使用Autodock打開.pdb文件時，始終出現以下錯誤。您認為是什麼導致了錯誤。感謝您的時間和耐心。 錯誤消息： “ Error pasing the following lin...
pdb docking errors 
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從Python中的FASTA文件中刪除冗餘序列
我正在嘗試從Fasta文件（來自NCBI）中刪除冗餘序列。當我執行此代碼時，它返回點數，而不是序列數。（斑點數：408,293，序列數：40830）如果您運行的代碼可以刪除重複的想法或有任何想法/建議，請告訴我。非常感謝。from Bio im...
python fasta biopython sequence 
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通過TCGA簽名對樣品進行分類
我有一些膠質母細胞瘤腫瘤的RNA-seq樣品，我現在正嘗試使用R根據特定的基因特徵（來自Verhaak等人，2010）進行分類。4個群集（https://api.gdc.cancer.gov/data/941f81a1-05d7-4f84-80ec-534b8dc1ebac）中的每個群集的特定質心。我想知道如何使用...
r rna-seq clustering 
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如何將Excel文件（.xlsx）轉換為.smi文件格式？
如何將Excel文件（.xlsx）轉換為.smi文件格式？我擁有的原始文件是一個包含27,000多個配體的Excel文件。我將使用Padel Descriptor軟件來計算配體的描述符，但是Padel Descriptor僅支持.smi文件。為了更加清晰起見，下面添加了excel文件的屏...
proteins cheminformatics computational-biochemistry small-molecules 
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轉錄組中同工型和旁系同源物之間的區別？
我已經使用Trinity將RNAseq數據組裝成轉錄組。有一個選項可以使每個轉錄本只保留最長的異構體，這使我想知道它如何處理重複的基因（->轉錄本）。我沒有在原始文件中找到答案。儘管我認為旁系同源物和同工型是兩個不同的特...
rna-seq transcriptome isoform paralogs 
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輕鬆順序的Phylip格式轉換
我通常在BioPython中使用AlignIO來處理比對，並且在本文中，它從fasta格式轉換為phylip格式。許多系統發育包都接受寬鬆的（序列ID）和序列的（序列）葉狀格式。此格式易於使用，有助於仔細檢查對齊錯誤，並且可以是必不可少的...
phylogenetics biopython format-conversion 
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問題：Bismark甲基化用於非唯一映射BS-seq讀
我正在尋找DNA甲基化，特別是在小RNA內部。piRNA。我正在用bismark在基因組上繪製BS-seq讀圖。從bismark的用戶指南中，它可以在基因組上唯一映射讀段，這意味著它報告具有最佳得分的第一個讀段，並丟棄其餘的比對；如果將讀段...
ngs read-mapping methylation 
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最新的細胞型RNA-Seq反捲積方法是什麼？
我想在大量RNA-Seq轉錄組數據中找到每種細胞類型的比例。我正在尋找有關以下方面的指導：什麼是最先進的方法？他們的假設是什麼？（例如，他們是否假定預先提供了細胞類型表達簽名？）...
rna-seq gene-expression machine-learning 
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如何設置神經網絡多次循環並求平均值？
我在R / RStudio中有一個腳本，該腳本可以創建二項式變量的隨機數據集，並通過神經網絡對其進行饋送，併計算其似然比統計和偏差。我希望腳本以seed遞增1的方式循環，並將每次運行的值收集到一個數據幀中，從中將這些值取...
r statistics machine-learning loop 
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樣品相關分析之前的RNA-Seq數據轉換
如果我從Deseq2歸一化計數開始，在使用R中的cor函數估算樣本相關性之前，應該對這些數據執行哪些預處理步驟？例如，對數據進行分位數歸一化是否有意義？...
r rna-seq correlation 
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如何使用bwa和samtools提取不匹配的讀取？
我需要閱讀一次博文（不配對），我需要完成Beauclair等人所述的工作流程。論文（這裡是https://rnajournal.cshlp.org/content/24/10/1285.long的免費版本），用於使用其DI檢測程序識別缺陷基因組。在材料和方法中，該過程描述如下： 工作...
alignment samtools bwa bowtie2 dirna 
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無法對齊2個序列，（已殺死MAFFT）
我有2個.fa後綴，如：>some description of first... ACTGACTACGTACGACTACGATCTGACTACACGTAGATAGACTAGTCACTACG ACTGACTACGTACGACTGACTACATGACTGAC... > some description of second... ATCGATAGCTACGATCGATAGTAGATAG.... 這個文件是461mb（智人的1條染色體和泛蟲類的1條染色體），...
alignment sequence-alignment 
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嘗試在R中轉換基因名稱時合併數據出現問題
我一直在嘗試（用R編碼）一種將基因登錄號轉換成基因名稱的方法（來自RNAseq數據）。我已經查看了所有相關問題，並試圖修改我的代碼，但是由於某種原因，它仍然無法正常工作。這是我的代碼，其中charg是數據集resdata的基...
r rna-seq gene biomart 
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將Array [Pair [X，Y]]輸出到WDL任務中的文件
如果我壓縮兩個數組，則會獲得Array [Pair [String，String]]變量。現在，如果我想輸出到文件Array [Array [String]]，我可以使用write_tsv（），如果我要輸出到文件Map [String，String]，我可以使用write_map（）。但是WDL不允許我將Array [Pair [Stri...
wdl 
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從比對文件中刪除終止密碼子以進行dn / ds計算
這是與我的問題非常相似或與我的問題幾乎相同的question之一我用虛擬數據核苷酸alignment和氨基file進行了正常運行，我可以從phangorn運行dn / ds而沒有任何問題。但是當我運行數據核苷酸alignment和氨基file時，我確實收到了此警告In...
phylogenetics perl 
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awk字段分隔器
我有一個像這樣的文件： ，我希望輸出為： 我嘗試使用awk：awk 'BEGIN { OFS=FS=" " } { sub("\\..*", "", $1); print }' 並打印第一個ID ENST。但是當我將其更改為：awk 'BEGIN { OFS=FS=" " } { sub("\\..*", ""...
awk 
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如何匿名化bam文件
我有一個bam文件，例如RNA-Seq，該文件始終以單核苷酸多態性（SNP）的形式包含患者可識別的數據。我希望有一種技術來獲取此對齊的bam文件，並在等效位置將所有非參考鹼基替換為參考鹼基（在此過程中硬剪切任何軟剪切的鹼...
bam sequencing 

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