生物信息學

針對對生物信息學感興趣的研究人員,開發人員,學生,教師和最終用戶的問答

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芯片序列數據的差異分析
我有幾組芯片序列數據。我使用Macs2稱其為山峰。我是該領域的新手,我將不勝感激。我想註釋峰,看看它們之間共享哪些峰,哪些峰不同。做這個的最好方式是什麼?我應該使用哪個包裹?非常感謝...
     


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關於DESeq2包中三個組數據的兩個組比較
當我們有三組樣本(A,B,C)具有25000個基因並且主要關注點是A vs B時,是否應僅限製樣本A和B進行歸一化以進行DEG分析?還是最好包括所有樣本(A,B和C)以進行標準化,並在三組中指定比較組?res <- results(dds, contrast=c( tissu_...
  

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在同一會話中合併結構-PyMOL
我是一名正在研究針對目標病毒靶蛋白的抗體反應的學生。我有自己的帶註釋的蛋白質PyMOL會話,也有.pdbs的結晶抗體結構與該蛋白質結合,並且幾乎不知道其結合的位置。我想知道是否可以將這兩個結構合併為一個會話來觀察...
  


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FASTQ文件修剪
我有一個FASTQ文件:@NS500455:80:HG7TNBGXB:1:11101:17723:1055 1:N:0:ATCACG ACTTANGTGTATGTAAACTTCCGACTTCAACTGTATAGGGATCCNAGCTCCAATTCGCCCTATAGTGAGTCGTAT + /AAAA#EEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEE#EEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEE @NS500455:80:HG7TNBGXB:1:11101:8821:1057 1:N:0:ATCACG ACTTANGTGAT...
 

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R中的簡約和最大似然樹比較
最大似然分析基於其相似性比較尖端或物種,而簡約分析則比較物種之間的特徵。到目前為止,我使用dendextend對這兩種樹進行了比較。還有其他方法或庫可以使比較更加量化。由於我的了解有限,因此我謹記這一點。我什至可...
  

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為什麼此3D模型中存在氯離子?
這裡我們有一個與此序列匹配的3D模型VVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIK在爆炸中 3D結構是here 為什麼在2020_1 3D模型中會有氯離子? ...
     


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全球種族名單
查看1000個基因組項目,我看到以下人口群體和超群體列表:https://www.internationalgenome.org/category/population/ 但是,是否有類似全球種族的標準清單?像人口多樣性本體論還是類似本體論?我正在嘗試將基因組數據與 祖先 聯繫起來,...
  

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根據ID合併R數據框中的行(至列)
我有一個包含兩列的數據框:$1 = transcript ID,$2 = expression counts (tpm)。這是由於合併了幾個Kallisto計數(如果有關係)。我想以最基本的R方式(不使用tidyverse)構建一個數據幀,其唯一的筆錄ID列為$ 1列,表達式計數為列之後的列...
   

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配對末端RNA測序文件
我正在看DIY Transcriptomics course上的視頻,發言人提到要運行Kallisto進行配對末端測序的閱讀比對,請輸入以下內容: ,其中末尾的示例文件是指兩個不同的末尾讀取(正向和反向讀取文件)。但是,在瀏覽NCBI上的配對結束數據時...
  

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關於映射到參考基因組在RNA序列中如何工作的澄清
當將讀段映射到參考基因組時,如果基因組在不同區域可能具有相同的重複序列,那麼如何分辨讀段所指的是基因組的哪一部分?我的意思是,為了爭辯而說您已讀過 AGCTAGCT 。如果參考基因組有兩個出現 AGCTAGCT 序列的地方,我...
   


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哪個是正確的prosite模式?
我想問一下這種多重對齊是否正確的Prosite模式: 是這個:A-T-[AT]-G-x-C-[AGC]-C-x(1,4)-A 或者這個:A-T-[AT]-G-x-C-[AGC]-C-x(1,3)-[ATGC]-A 實際上,我想問的是x是否始終表示有間隔,並且在序列中可以有任何符號但沒有間隔的情況下使用它是...
  


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Godon中的p01sum和p0prop參數是什麼?
在Godon中使用分支站點模型時,模型優化結果包括以下參數:p01sum和p0prop。這些是什麼?它們在分支站點模型中與p0和p1有什麼關係?...
   

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GSEA中的排名指標
我正在r中使用fgsea來計算和繪製一堆GSEA圖。我的問題是使用DeSeq2中的Wald統計量對基因列表進行排序是否可以接受?我在GSEA應用程序中看到使用了信噪比,但是Wald統計足夠嗎?如果不是這樣,給定歸一化的計數矩陣,是否有一...
   

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可以將折疊的節點表示為三角形的系統發育軟件
我試圖以一種能使我理解的方式來代表一棵大的(100-300多個序列)的系統發育樹。我認為減少分支的數量(通過折疊包含高度相似序列的進化枝)將是一個好主意。我目前正在使用的軟件(iTOL)在技術上可以選擇( 折疊節點 ...
  

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snakemake-使用未明確聲明為後續規則輸入的輸出文件
我正在寫一條蛇形的,直到現在應該使用原始測序讀取來使用canu生成裝配體草案使用minimap2將原始讀數與canu生成的草稿集對齊。以下兩個規則描述如下:rule canu: input: fqdir + {sample}.fastq output: directory( {sample}/canu ) shell: ...
   

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