物質建模

材料建模人員和數據科學家的問答

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有哪些方法可用於固體中的激發態計算?
本著簡潔的答案(最多3個段落)的精神來創建有用的資源,可用於固體的激發態計算的類型有哪些?請添加到列表: 準粒子激發 DFT:密度泛函理論 $ \ Delta $ SCF [link to answer] 約束DFT GW : GW 近似中的多體攝動理論 VMC:變分量子...
     

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Wien2K有哪些開源的全電子DFT替代品?
自本世紀初以來,Wien2K已被證明是計算凝聚態和材料物理學中非常強大的參與者。 Wien2K是基於增強平面波+局部軌道[APW + lo]方法的全電子週期性DFT碼,也被廣泛稱為 全電勢-線性化增強平面波[FP-LAPW + lo] 方法,或簡稱為LAPW。眾所...
     

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如何計算分子的構象熵?
簡介 眾所周知,可以使用公式(1)計算系統的熵: \開始{equation}\ label {eq:entropy_Boltz}S = {k_B} \ ln \ Omega \ tag1\ end {equation} 其中 $ k_B $ 是玻爾茲曼常數, $ \ Omega $ 是微狀態數系統的熵, $ S $ 是它的熵。這個等式是基本的統計力...
 

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CP2K幾何優化中的" Optimizer"到底是什麼?
我現在剛剛開始使用程序CP2K,但我很難理解optimizer選項(CG,BFGS,LBFGS)之間的區別。我已經看到了他們在他們的網站上寫的內容,但是對我沒有什麼幫助,因為我不知道優化器是什麼。如果可能的話,有人還可以向我解釋,當...
  

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DFT新用戶的陷阱是什麼?
此問題的靈感來自另一個SE中的post。如今,許多用戶將密度泛函理論代碼用作 黑匣子 ,因此很自然地期望他們在首次學習時會犯許多錯誤。 密度泛函理論的新用戶遇到的常見陷阱是什麼? ...
  

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固態物理學中勢能,自由能和庫侖能之間的差異
在描述物理能量時,我經常遇到諸如(Helmholtz,Gibbs)自由能,勢能和總能量之類的術語。原子級的系統。有時我偶然發現Coulomb energy,這進一步增加了混亂。我(模糊)的理解是,一個細胞的勢能應等於該細胞的庫侖能。有人...
    

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具有真正功能的全CI和DFT軌道
是否有任何論文可以證明/證明使用完全配置相互作用(CI)獲得的佔據軌道與使用DFT獲得的軌道相同(假設我們使用的是精確的功能,但尚未找到)?...
  

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結構鬆弛後如何從原始轉換為常規?
我在VASP中做到了這一點,但我猜對於任何程序來說都是如此。我有一個具有三次常規電池的結構(a = 9.86 A)。我找到了原始單元格(a = b = c = 6.97,alpha = 90,beta = 60,gamma = 120)並將其用作輸入結構。我放鬆了結構,結果導致了...
  

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收費分析有哪些類型?
我正在使用原子間電勢評估系統的原子電荷,並與DFT進行比較。我知道以下幾種部分費用:Mulliken,Bader和Qeq。我想知道這兩種方法之間的區別(例如利弊)。也許我們可以獲得解釋以下每種partial charge類型的答案: B̶a̶d̶e̶r̶[l...
     

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DFT模擬所需的速度/時間是多少?
我目前正在設計一個玩具模型,以計算(對於無限重複晶格的)原子間電勢,該玩具模型需要縮放並執行比DFT模擬更好的模擬。但是可悲的是,我對DFT模擬一無所知。我確實找到了這篇論文(https://www.nature.com/articles/nphys1370),...
    

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如何在溶劑可及的表面上繪製高斯的靜電勢?
Gaussview中的高斯立方體生成器和表面生成器似乎只允許將ESP映射到SCF密度上。我將G16用於ESP一代。我想將其繪製在溶劑可及的表面上。是否有任何(免費)軟件可以幫助我做到這一點?...
     

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為什麼在此VASP計算中"打開"石墨烯的帶隙?
我使用VASP在石墨烯上進行能帶結構計算。最初,我希望可以在K點觀察到狄拉克錐。如果我們定性地觀看,我們可以看到這種行為。但是,當我放大導帶與價帶接觸的區域時,可以觀察到帶隙,如圖所示。這很奇怪,因為我已經...
    


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如何表徵蛋白質的表面特徵?
查看蛋白質結構域的結構時,我注意到其中許多結構在同一位置(彼此對齊時)顯示出裂狀結構。 推薦的表徵這些裂縫的方法是什麼? 也許有些曲率量度?然後,我想將它們與靜電勢相關聯,以便可以將這些裂口與某些電荷或...
   

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繪製3D膠束配置的軟件
我正在尋找一款能夠繪製3d膠束配置的免費軟件,如附圖所示。有什麼建議嗎? ...
   

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如何分析具有局部位置佔用率的鬆弛結構的空間群
我正在使用VASP軟件包對具有局部位置佔用率的材料進行建模。使用supercell軟件包生成了適當的超級單元(cif),並使用VESTA將其轉換為POSCAR。然後進行結構鬆弛。現在我有了輕鬆的結構(CONTCAR),並且我想分析它的空間群。我...
    


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六角格體積EOS擬合
我對使用VASP進行六角形體積擬合有一點問題。我已按照以下步驟操作: 使用ISIF =4 從給定的捲中釋放結構 將CONTCAR複製到POSCAR,然後再次放寬 在運行ISMEAR = -5且不放鬆的情況下運行 針對不同體積重複(+ 10%+ 5%0%-5%-10%) 使...
   

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如何用Python編寫自己的密度泛函理論(DFT)代碼?
我是DFT用戶,在將來的某個時候,我想用Python編寫自己的DFT代碼,以幫助加深對DFT的了解。正如previous answer中提到的那樣,人們已經編寫了自己的DFT代碼以更深入地了解理論和算法的工作原理。我從哪裡開始?我應該考慮哪些重...
   


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